En este contexto parece definirse con especial protagonismo el Cerro del Conjuro, en cuya cumbre se conservan restos que dibujan al menos un doble recinto murado, a modo de atalaya fortificada, Pascual Madoz, en su Diccionario Geográfico (1845-1850) ya menciona “el baluarte que coronó la encumbrada “Sierra del Conjuro”.
Se interpreta que este enclave acogió en época ibérica un oppidum (recinto en altura fortificado), con una gran capacidad de control del territorio (comunicaciones y zonas de producción) y directamente relacionado con otros núcleos ibéricos, muy especialmente el oppidum de las “Capacheras”, situado a unos 3 Km. hacia el este.
Bajo un concepto similar se baraja la existencia en él de un asentamiento fortificado en altura (hisn) en época andalusí, cuanto menos en el s.IX, reutilizando la fortaleza ibérica.
Junto a los iberos son comunes en toda la región los restos romanos, testigo de su importante presencia son los restos de sillares, monedas, columnas y todo tipo de cerámica encontrados en las fincas de la Alcaldía y la Camila, en este lugar se cree que se encontraba la ciudad romana de “Ulisi”.
Durante la época musulmana los Cerros de la Ermita y del Conjuro juegan un papel trascendental, aquí se hallaba la Arxiduna árabe, antigua Villa Alta de la localidad.
Uno de los episodios más importantes fue la proclamación en su recinto de Abderrahman I como emir independiente de Al-Ándalus en el año 756. Tal era la importancia de Archidona en aquella época y hasta el siglo X, que llegó a ser capital de la “Cora” de Rayya (constituida aproximadamente por la provincia de Málaga).
Entre los siglos IX al X, Omar Ibn Hafsum, caudillo árabe de origen muladí, conseguirá reunir una partida de mozárabes, muladíes, e incluso bereberes descontentos con la aristocracia de origen árabe dominante que luchará en clara rebeldía contra el poder de los emires omeyas de Córdoba, llegando a extender su dominio a buena parte del territorio andaluz. A finales del s.IX, gracias al fuerte apoyo de la población, llegará a tomar Arxiduna por dos veces, estos hechos harán que pierda definitivamente la capitalidad como Cora de Rayya, pasando desde este momento a favor Málaga que había seguido siendo fiel a los Omeyas.
A partir del s.XI, se inicia una etapa de decadencia en este lugar, pero con el advenimiento del reino nazarí Arxiduna volverá a ocupar un papel estratégico y militar importante, como refuerzo de una de las puertas occidentales del reino de Granada que se mantuvo hasta 1462, fecha en la que Don Pedro Girón, Maestre de Calatrava, conquista la villa, pasando ésta a manos cristianas.
Desde el Siglo XV, los Condes de Ureña, descendientes directos del conquistador, serán los señores de la Villa de Archidona.
Dicho título nobiliario fue creado por el rey Enrique IV en 1462 en favor de Alfonso Girón, hijo de don Pedro. Fue en 1562 cuando el rey Felipe II creó el Ducado de Osuna, a favor de don Pedro Téllez Girón, quinto Conde de Ureña.
Durante el siglo XVI se inicia la creación de la actual Villa Baja al perder su importancia defensiva el perímetro del castillo. En este siglo comienzan a instalarse en la localidad las primeras órdenes religiosas, los Padres Predicadores de la Orden Dominica, del Convento de Santo Domingo (1547), y las Comunidades de la Orden Mínima, de los Conventos de Jesús y María (1551) y de la Victoria (1556), a quienes se suman desde 1757, los fundadores de las Escuelas Pías, los Padres Escolapios.
Todas ellas desempeñaron una importante labor en el orden espiritual y cultural.
En época moderna, Archidona conoció momentos y hechos artísticos de gran trascendencia, ligados sobre todo a la arquitectura y urbanismo del Barroco de los siglos XVII-XVIII, destacando como icono emblemático su Plaza Ochavada.
Asimismo constituirá un momento cultural notable la llegada de los Escolapios fundadores de las Escuelas Pías, siendo este el primer Colegio de la Orden en Andalucía, dotando al pueblo de un prestigio que se mantendrá hasta bien entrado el siglo XX.
En sus aulas estudiaron entre otros alumnos ilustres, Blas Infante y el Almirante Augusto Miranda Godoy.
En 1901 se concede el título de ciudad a la hasta entonces Villa de Archidona, y será declarada Conjunto Histórico Artístico en 1980.